Après une mission en Corée du Nord, les GI Joe se rendent au Pakistan. Ils sont alors victimes d'un complot, trahis et en partie anéantis. Les survivant découvrent que leur gouvernement est infiltré et qu'une guerre nucléaire se profile.

Le combat qui doit désigner le roi des combattants est transféré dans des mondes parallèles par le super-méchant Rugal. Mai Shiranui, un agent du FBI sous couverture, doit récupérer les artefacts qui font la puissance de Rugal.

Le G.I. Joe est un commando de guerriers d'élite, bénéficiant d'un matériel de l'armée révolutionnaire. Cette équipe se bat contre une organisation terroriste nommée le COBRA.

Des êtres humains ont subi une évolution génétique et ont désormais des pouvoirs paranormaux. On les appelle "les mutants". Certains mutants sont en guerre contre les humains. D'autres veulent nous protéger: ce sont les X-Men.

La planète Naboo est assiégée par les forces de la Fédération du Commerce, qui veut la contraindre à payer des taxes sur les transports. Deux Jedis, Obi-Wan-Kenobi et son maître, sont envoyés à Naboo par la République pour examiner la situation.