En 1973, Daniel est arrêté par les militaires de la dictature de Pinochet. Sa petite amie Lena se met à sa recherche. Daniel se trouve à Colonia, mi-secte mi-prison, dirigée par un ancien Nazi. Lena entre dans la secte pour le rejoindre.

1937. Les japonais bombardent l'ex-capitale de la Chine: Nankin. John Rabe y vit depuis 30 ans. Cet allemand dirige la filiale locale de la société Siemens. Il assiste horrifié aux massacres des civils par l'armée japonaise.