Le Troisième Impact a quasiment détruit l'humanité et Shinji Ikari et l'EVA 01 ont été scellés dans un container envoyé dans l'espace. 14 ans plus tard, Asuka et Mari, dans leurs propres EVA, tentent de le ramener sur Terre.

La lutte entre les anges et les robots géants EVA pilotés par des ados continue. En Antarctique, Mari Illustrious Makinami affronte le troisième ange aux commandes de EVA 05. Au Japon, c'est l'EVA 02 qui stoppe le septième ange.

En 2000, l'impact d'un astéroïde sur la Terre a tué la moitié de l'humanité. En 2015, alors que l'humanité a surmonté cette épreuve, des créatures étranges attaquent Tokyo-3, la ville forteresse. Des ados pilotent des robots de défense.