Les tortues ninja naissent dans des conditions spéciales : sous influence de produits chimiques. Le rat mutant Splinter va les initier à l'art Ninja. Elles combattent un syndicat du crime et sont confrontées à une armée de créatures mutantes.

Des robots à la pointe de l'intelligence artificielle produits par une multinationale décident d'éradiquer l'humanité. Pendant ce temps, la famille Mitchell accompagne en voiture leur fille qui commence ses études à l'université.