Le pilote d’essai Pete « Maverick » Mitchell a vieilli, mais il revient 30 ans après à la base Top Gun cette fois en tant que formateur. Il encadre de jeunes pilotes, les plus doués de leur génération, pour effectuer une mission en territoire ennemi.

La Terre a été attaquée. La guerre a été gagnée par les hommes, mais la planète a été détruite, et l'humanité est partie dans des colonies. Jack est l'un des rares humains à rester sur Terre. Un jour, un vaisseau spatial s'écrase.

Kevin Flynn vit à l'intérieur d'un système informatique, dans un univers virtuel, depuis 25 ans. Son fils Sam a grandi dans le monde réel. Mais, alors que Sam cherche à comprendre la disparition de son père, il est aspiré dans ce cyber univers.