Lors de leur mission de sauvetage sur Génésis, l'équipage de l'Enterprise a perdu son vaisseau. Il rentre sur Terre grâce à un appareil Klingon volé. Une sonde, qui émet des signaux correspondant à des chants de baleines, menace la Terre.

L'équipage de l'Enterprise est en deuil: l'officier Spock s'est sacrifié pour les sauver lors de leur dernier voyage. Son cercueil est déposé sur Génésis. Mais, alors qu'ils rentrent tristement, ils reçoivent une information surprenante sur Spock.