Sur Avalon, un monde parallèle à la technologie futuriste, une guerre nucléaire a rendu la surface de la planète désertique. Quatre guerriers, trois femmes et un homme, combattent les monstres des sables qui sillonnent la planète.

Des enfants se livrent des combats aériens mortels: ce sont des spectacles violents pour une humanité qui désormais a éradiqué tout conflit, mais qui manque de divertissements ...

Batou est un cyborg, un esprit humain dans un corps cybernétique. Il travaille à la section 9 comme détective. Il est sur une enquête concernant des homicides probablement commis par des androïdes femelles.

Dans un futur proche, dans un pays d'Europe centrale fictif, un jeu illégal fait fureur: Avalon. Les joueurs entrent dans une réalité virtuelle où ils combattent des ennemis. Ils fuient la réalité quotidienne et peuvent gagner de l'argent.

Enfant, Kusanagi était atteint d'une maladie mortelle. Son âme (le ghost) a été déplacée dans un corps cybernétique qui lui confère des pouvoirs hors normes. Désormais, Kusanagi travaille dans la section 9 et lutte contre la cyber-criminalité.

Dans un futur indéterminé, une nouvelle unité de police, les Patlabor, utilise des robots géants pour faire régner l'ordre. Mais des pannes inexpliquées perturbent les machines.