Le chancelier klingon Gorkon veut négocier un processus de paix avec la fédération. L'USS Enterprise, dirigé par le capitaine Kirk, escorte le vaisseau de Gorkon vers l'endroit où les traités doivent être signés. Mais le chancelier est abattu.

Le capitaine Kirk commande le vaisseau l'Enterprise pour une mission de routine à travers l'espace. Il se retrouve confronté à son ennemi de toujours: Khan. Khan veut s'emparer du projet Genesis, une véritable menace pour l'univers entier.