Jason Bourne est mêlé à une histoire d'espionnage massif des citoyens. En outre, il veut découvrir qui était son père, et le directeur de la CIA cherche à l'éliminer. Une jeune analyste de la CIA est chargée de le traquer.

En 2009, un cargo américain de passage au large des côtes somaliennes est attaqué par des pirates armés. Le bateau est immense et l'assaut des pirates rencontre des difficultés. Ils se contentent alors de prendre le commandant en otage.

En 2003, l'adjudant-chef Roy Miller et ses hommes sont chargés de trouver les armes de destruction massive qui ont été le prétexte de l'invasion de l'Irak par l'armée américaine. Mission impossible, qui va pousser Miller à se révolter.

Jason Bourne est toujours partiellement amnésique, suite à une vieille blessure par balle. Il veut faire la lumière sur son passé et retrouver les responsables des programmes qui ont fait de lui un agent sur-entraîné.

Le 11 septembre 2001, les passagers d'un avion reliant Newark à San Francisco apprennent que des terroristes ont pris le contrôle de trois autres appareils pour les projeter contre des bâtiments. Et il semble qu'ils sont dans le même cas.

Deux ans se sont écoulés depuis les évènements du premier épisode. Jason Bourne se cache en Inde où il vit avec Marie. Mais un jour, il repère dans le village un homme suspect, un européen, et son flair l'avertit qu'il est à nouveau en danger.

"Bloody Sunday" est un jour sanglant dans l'histoire irlandaise: une manifestation pacifique est organisée par les irlandais, demandant les mêmes droits pour les catholiques et les protestants. Les militaires britanniques tirent à balles réelles.