En 1945, un pilote japonais déserte et revient atterrir à sa base en camouflant cette désertion. C'est alors qu'une créature géante sort de l'Océan et détruit la base. Des années plus tard, l'ancien déserteur est à nouveau confronté à la bête.

Arsène Lupin, le célèbre gentleman cambrioleur, veut dérober le journal personnel du professeur Bresson, qui a échappé aux nazis pendant la seconde guerre mondiale. Le journal se trouve désormais au musée d'Orsay.

Au cours de funérailles, Keiko et Kentaro découvrent que leur grand-père biologique n'est pas celui qu'ils croyaient. Leur vrai grand-père est un aviateur mort dans un acte kamikaze. Le frère et la soeur enquêtent sur cet homme.

2199. Depuis 5 années, des extraterrestres bombardent la terre avec des météorites radioactives. L'humanité s'est réfugiée sous terre pour échapper aux radiations, qui sont de plus en plus puissantes. La situation devient critique.