En 1987 en Californie, une adolescente achète une voiture dans une casse automobile. En fait, cette voiture est un Autobot, un robot capable de transformations. Il ne peut parler : son système de communication verbale est endommagé.

Kubo est un enfant qui vit dans une grotte avec sa mère non loin d'un village japonais de bord de mer. Il gagne sa subsistance comme conteur. La nuit, il doit rester avec sa mère, qui l'a averti que s'il sortait, il encourait un grave danger.