L'histoire prend place plusieurs générations après le règne de César. Noa, un jeune chimpanzé doué de parole, un don de plus en plus répandu parmi les singes, est confronté à la violence d'un autre clan de singes, qui menace son clan.

Thomas et les Blocards se lancent dans une nouvelle et ultime mission qui va les conduire dans la légendaire Dernière Ville, contrôlée par l'organisation WICKED.

Thomas et ses camarades en vie sont sortis du Labyrinthe et se retrouvent dans une installation protégée avec d'autres survivants d'autres labyrinthes. Thomas n'est pas tranquille vis-à-vis des intentions de leurs hôtes et veut s'enfuir.

Thomas se réveille amnésique dans un lieu qui se révèle être une prison à ciel ouvert entourée d'un vaste labyrinthe. Une cinquantaine d'adolescents partagent son sort, avec tous l'envie de s'échapper. Des araignées d'acier surveillent la sortie...