Joaquin, un ingénieur en informatique fauché, est paraplégique et vit en fauteuil roulant. Un jour qu'il travaille dans le sous-sol de sa maison, il entend des bruits. Des cambrioleurs sont en train de creuser un tunnel pour atteindre une banque.

Un immeuble est mis en quarantaine lorsqu'une épidémie s'y déclare. La maladie est hautement contagieuse. Dans cette situation critique, le véritable caractère des habitants se révèle et la situation dégénère.

En 1944, à la fin de la guerre, Carmen s'installe avec sa fille Ofélia chez son nouvel époux, un officier de l'armée franquiste. Près de sa nouvelle maison, Ofélia découvre un mystérieux labyrinthe habité par un faune, une créature magique.

Carlos est orphelin et son tuteur, un républicain, part lutter contre le fascisme. Carlos est placé dans un orphelinat catholique. Il s'aperçoit bien vite qu'il s'y passe des phénomènes étranges. Un fantôme hante les lieux.