Shadow, une créature emprisonnée depuis 50 ans, s'échappe de Prison Island, au Japon, après que le système de surveillance a été piraté. L'équipe de Sonic doit aider les forces de l'ordre à pourchasser la créature aux pouvoirs inédits.

Le Dr Robotnik parvient à s'échapper de la planète champignons, après avoir lancé un signal rameutant notamment le surpuissant Knuckles. En échange de sa libération, le docteur doit indiquer où se trouve Sonic.