Le Dr Robotnik parvient à s'échapper de la planète champignons, après avoir lancé un signal rameutant notamment le surpuissant Knuckles. En échange de sa libération, le docteur doit indiquer où se trouve Sonic.

Après avoir été contraint de quitter sa planète natale, le hérisson bleu Sonic s'est réfugié sur la Terre dans une petite bourgade. Un jour, il provoque une panne de courant générale, ce qui attire l'attention sur lui du terrible Dr Robotnik.