Au 17ème siècle, deux jeunes jésuites partent au Japon pour retrouver le père Ferreira, dont ils n'ont plus de nouvelles. Sur place, ils sont confrontés à l'hostilité des seigneurs féodaux, qui ont décrété le christianisme illégal.

Dans le futur, Tokyo est sous l'emprise guerrière de quatre clans se partageant la ville. Deux ex-amis sont devenus les chefs de deux de ces clans, et pour une raison inconnue sont désormais dans une rivalité qui alimente leur guerre entre gangs.

Ichi, une jeune orpheline aveugle de naissance, joue de la flûte pour gagner sa vie. Elle dissimule dans son bâton de marche un sabre, qu'elle manie avec une dextérité exceptionnelle. Elle sauve un samouraï aux prises avec le clan Banki.

En 1943, alors que la guerre dans le Pacifique tourne nettement en la faveur des américains, l'état major japonais décide que des pilotes doivent se sacrifier pour jeter leurs avions contre les navires ennemis. Les kamikazes sont nés.