Shishio a pris la mer dans son bateau de guerre en fer, et son objectif est le renversement du gouvernement. Kenshin veut le stopper. Il s'entraîne au sabre avec son vieux maître, afin d'apprendre ses techniques ultimes.

Tueur devenu vagabond, Kenshin a été le témoin de la chute du shogunat et de l’émergence de despotes prêts à tout pour renverser le nouveau pouvoir en place. Face à la menace, Kenshin s’est juré de protéger la nation (...)sans rompre son voeu de tuer. (x)

Au 19ème siècle au Japon, alors qu'une époque moderne s'annonce, Battosai, un tueur renommé, décide de se retirer. Il devient vagabond et décide de ne plus tuer. Il utilise un sabre inversé, dont le tranchant est dirigé vers lui.

Goemon, sorte de robin des bois japonais, vole un objet secret, ce qui provoque la colère du sanguinaire Hideyoshi. Sa tête mise à prix, le voleur virtuose va rapidement se retrouver au centre d'un écheveau de vengeances et de complots.