Jupiter Jones est une jeune femme immigrée, qui vit en faisant des ménages. Malgré ce statut modeste, elle est vouée à un destin grandiose, étant une héritière de la maison Abraxax extra-terrestre, qui peut revendiquer la possession de la Terre.

Tout est lié: un journal de 1849 sur un voyage dans l'Océan Pacifique, un clone en rébellion dans le futur, une farce au sujet d'un éditeur, un meurtre dans une centrale nucléaire, l'histoire d'une tribu post-apocalyptique à Hawaï...

Dans un futur proche, les voitures de courses sont devenues des bolides démentiels fonçant à 800 km/h. Le jeune Speed Racer, un as du volant, rêve de reprendre le flambeau après la mort de son frère pendant une course.

Les machines atteignent les portes de la cité de Zion, menaçant les rebelles d'un anéantissement total. Neo décide de vaincre l'ennemi en frappant à la source.

De nombreux humains ont été délivrés de la Matrice et se sont regroupés dans une cité souterraine, Zion. Les machines utilisent une foreuse pour atteindre Zion. Néo, Morpheus et Trinity retournent dans la Matrice pour consulter l'Oracle.

Néo, un hacker informatique fait la rencontre d'un groupe mystérieux qui remet en cause la nature même de la réalité. L'humanité serait prisonnière d'une illusion. Morpheus, le leader du groupe, propose à Néo de les rejoindre.