Néo, 18 années après avoir sauvé Zion, se retrouve dans la matrice, redevenu programmeur de jeu. Il a la sensation que quelque chose ne va pas. Un certain Morpheus lui propose de faire un choix vital.

Jupiter Jones est une jeune femme immigrée, qui vit en faisant des ménages. Malgré ce statut modeste, elle est vouée à un destin grandiose, étant une héritière de la maison Abraxax extra-terrestre, qui peut revendiquer la possession de la Terre.

Tout est lié: un journal de 1849 sur un voyage dans l'Océan Pacifique, un clone en rébellion dans le futur, une farce au sujet d'un éditeur, un meurtre dans une centrale nucléaire, l'histoire d'une tribu post-apocalyptique à Hawaï...

Dans un futur proche, les voitures de courses sont devenues des bolides démentiels fonçant à 800 km/h. Le jeune Speed Racer, un as du volant, rêve de reprendre le flambeau après la mort de son frère pendant une course.