Miles Bron, milliardaire dans le secteur de la technologie, invite des connaissances à le rejoindre sur son île grecque. Benoit Blanc, le célèbre détective, est présent. Miles a organisé une énigme où l'on doit retrouver un tueur.

Néo, 18 années après avoir sauvé Zion, se retrouve dans la matrice, redevenu programmeur de jeu. Il a la sensation que quelque chose ne va pas. Un certain Morpheus lui propose de faire un choix vital.

Après qu'un astéroïde s'est écrasé contre la Terre, des animaux mutent. Ils deviennent des monstres et anéantissent l'humanité. Joel, qui fait partie des survivants, se demande si la femme qu'il aime est encore vivante.

Des scientifiques dans une station sous-marine sont frappés par un tremblement de terre. La station est endommagée et il semblerait que le tremblement de terre ait réveillé des créatures au fond de l'eau.